El momento de incertidumbre que vive el primer equipo de Cruz Azul, no es único de esta categoría, pues también las divisiones inferiores han estado muy por debajo de las expectativas en la presente temporada.
Lobos no solamente goleó a Cruz Azul en la primera división, también lo hizo por el mismo marcador en la categoría sub-17, mandando a la filial “celeste” al décimo quinto peldaño con seis derrotas en el torneo por apenas cuatro triunfos y una diferencia negativa de siete goles. Apertura 2013 fue el último torneo que consiguieron acceder a la fase final de la competencia, eliminados por Guadalajara en Cuartos de Final debido a la posición en la tabla.
En la Sub-20 no hay mucha diferencia en el desempeño durante la temporada, pues se encuentran en el penúltimo lugar de la clasificación con apenas 10 unidades, acumulando ocho derrotas por apenas dos triunfos y una diferencia de goles de -12, a pesar de ser la única categoría capaz de vencer al equipo de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla este fin de semana. La última vez que llegaron a liguilla fue en el Apertura 2015, eliminados por América en Cuartos de Final debido al gol de visitante.
La categoría inferior a los 15 años de edad es la de mejor rendimiento hasta el momento, ubicándose en el noveno peldaño de la clasificación general y quinto de su grupo, con 19 puntos generados de seis victorias a lo largo del torneo, apenas una más del número de derrotas acumuladas. Esta división también tiene varios torneos sin lograr disputar la fase final del torneo, pues desde el Invierno 2015 no lo consigue, cuando fue eliminado por Pachuca en Octavos de Final por la vía de los penales.
Por otra parte, la Sub-13 consiguió su pase a la fase final del torneo tras ubicarse octavo, pero fue eliminado en la primera ronda por Dorados de Sinaloa con marcador global de 4-3. Habrá que señalar que en esta categoría hay 24 equipos, por lo que clasifican a la liguilla los mejores 16 del torneo regular. Atlas resultó campeón.
El único futbolista de categorías inferiores que se encuentra en el Top-5 de mejores anotadores es Brandon Enrique Abundiz, quien registra siete anotaciones en 1163 minutos disputados con la sub-17 “celeste”, dos menos que el líder José Alfredo Ramírez de Querétaro.
A pesar de que Cruz Azul tiene varios canteranos en el primer equipo, no hay ninguno menor de 20 años con actividad en el primer equipo. Ninguno de ellos ha disputado la totalidad de los minutos, ni marcado algún gol en la presente temporada de Liga MX. A pesar de las constantes convocatorias del seleccionado nacional sub-16, Santiago Giménez, aún no ha visto actividad en el máximo circuito -ya lo hizo en Copa MX-.
