Pedro Caixinha fue presentado como nuevo DT de Cruz Azul el 5 de diciembre de 2017, una semana después de la renuncia de Paco Jémez al cargo. Por un año y diez meses se extendería su estadía en la Máquina, antes de ser corrido por la directiva un día como hoy, el 2 de septiembre, pero de 2019.
El portugués alcanzó a dirigir 84 partidos con la Máquina, donde ganó 34 partidos, empató 24 y perdió 21, con un rendimiento del 50%. Además, fue campeón de Copa MX y Supercopa MX, llegó a la final de Liga MX -Apertura 2018-, dejó al equipo calificado a la Liga de Campeones de Concacaf y fue finalista de Leagues Cup, que semanas más tarde ganara Robert Dante Siboldi en el banquillo.
Mediante un comunicado, Cruz Azul anunció que Pedro Caixinha dejaba el club por mutuo acuerdo, sin ahondar en las razones específicas, a pesar que su salida llegaba luego de una sumatoria de malos resultados que al final del semestre dejarían a la Máquina fuera de la Liguilla, pese a la gran inversión en refuerzos de los últimos mercados.
Fueron cientos los entrenadores que sonaron como posibles nuevos DT de Cruz Azul esa semana y Antonio Mohamed fue quien estuvo más cerca de llegar, hasta que la directiva se decantó por Robert Dante Siboldi, lo que terminó con la salida de Ricardo Peláez de la dirección deportiva del club.
Pedro Caixinha sigue recordando a la Máquina con cariño y aunque al principio no emitió declaraciones tras su salida, en las últimas semanas envió un mensaje de apoyo irrestricto a Billy Álvarez en el caso judicial en que está involucrado.
