Cruz Azul tenía solamente dos Copa MX en su historia cuando comenzó el torneo del Clausura 2013. Desde el torneo de 1968-69 y luego en la edición de 1996-97, los celestes alzaron el segundo título más importante del futbol mexicano, pero ya arrastraban 14 años sin poder levantarlo nuevamente.
En la fase de grupos fueron rivales de Atlas, Irapuato y Lobos BUAP, y los dirigidos por Guillermo Vázquez cosecharon cuatro triunfos, un empate y una derrota para clasificarse a la siguiente ronda, donde comenzaría lo bueno y se adelantaría el título que a la postre llegaría unos meses más tarde.
En los cuartos de final Cruz Azul fue rival de Jaguares de Chiapas y los derrotó por 1-0. Luego, en las semis, América sería el equipo a enfrentar y el encuentro terminaría igualado 1-1: en tanda de penales, los celestes derrotarían a las Águilas por cinco a cuatro y dejarían todo listo para la final.
Atlante fue el rival en el partido definitorio, que se disputó el 10 de abril de 2014 en el estadio Andrés Quintana Roo de Cancún. Los celestes y los Potros empataron sin goles en el tiempo reglamentario, y nuevamente por penales se definiría al campeón, que salió de La Noria: Cruz Azul alzó el título tras vencer por 4-2 en una épica definición.
José de Jesús Corona, Julio César Domínguez, Luis Amaranto Perea, Jair Pereira, Gerardo Flores, Gerardo Torrado, Israel Castro, Christian Giménez, Pablo Barrera, Javier Orozco, Alejandro Castro, Allam Bello y Teófilo Gutiérrez fueron los trece jugadores que dijeron presente en la final y Barrera, Gutiérrez, Castro y Orozco anotaron los penales del título. ¡A celebrar, campeones!
