Abrió el camino para el regreso a los triunfos en Cruz Azul y se convirtió en uno de sus goleadores del Torneo de Clausura 2020 con dos anotaciones, al igual que Elías Hernández.
Pero no sólo eso fue lo que consiguió el delantero uruguayo Jonathan Rodríguez en la victoria de La Máquina por 3-0 al Santos Laguna, ya que se ha metido en la historia del certamen.
Esto, porque con su gol, anotando a los 50 segundos de juego, se convirtió en el tanto más rápido del presente campeonato, además de ayudar a su equipo a cortar una racha de cuatro partidos sin ganarle a los laguneros.
De esta forma, el oriental se consolida como la principal alternativa ofensiva para el equipo de su compatriota Robert Dante Siboldi, poniendo dudas únicamente en quién lo acompañará, si será el joven Santiago Giménez o el refuerzo argentino Lucas Passerini.