Francisco Palencia debutó en Cruz Azul en 1994 y jugó hasta el 2003, solo con una salida al Espanyol de Barcelona en 2001-2002, siendo parte del último plantel que ganó la Liga MX con La Máquina en 1997, esta vez volvió nuevamente, en su rol de DT de Lobos, que perdió 2-1 con el equipo de Pedro Caixinha en el Estadio Azteca.

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En conferencia de prensa, tras el encuentro Palencia le deseó lo mejor en lo que viene a La Máquina: “No me gusta opinar del fútbol de otro equipo, pero si hay que felicitarlos porque tienen un magnifico estadio y se ve que la gente está comprometida con ellos. No me queda nada más que una felicitación y que les vaya muy bien en la Liguilla”.

Palencia además fue campeón de Copa MX y dos veces logró ser el mejor de la Concacaf con La Máquina. El delantero también llegó a la final de la Copa Libertadores 2001 con Cruz Azul, anotando un gol a Boca Juniors en La Bombonera, que permitió al club ganar por 1-0 el segundo encuentro y forzar la definición a penales, en la cual también marcó, pero no bastó para perder 3-1.